onclick v innerHTML

 document.getElementById('skrtni').innerHTML ="<a href='javascript:zaskrt();'onclick='selectAll(0, 'auto')'> Odskrtnuť </a>";

onclick='selectAll(0, 'auto')'

 document.getElementById('skrtni').innerHTML ="<a href=\"javascript:zaskrt();\" onclick=\"selectAll(0, 'auto')\"> Odskrtnuť </a>";

function selectAll(action, id)    {
    inputs = document.getElementById(id).getElementsByTagName("input");
    for (var i = 0; i < inputs.length; ++i)    {
            inputs[i].checked = (action == 1)? true:false;
    }

if (document.getElementById('pole').style.display == 'block')
   {
       document.getElementById('pole').style.display = 'none';
      document.getElementById('skrtni').innerHTML = 'zaskrtnuť policka';   
   }
   else
   {
      document.getElementById('pole').style.display = 'block';
       document.getElementById('skrtni').innerHTML ="<a href=\"javascript:selectAll(0, 'auto')\"> Odskrtnuť </a>";
   
   }
}

<a href="javascript:selectAll(1, 'auto')"  id=skrtni> zaskrtnuť policka</a>

<a href="javascript:selectAll(0, 'auto')" id=pole style="display: none"> Odškrtnuť </a>